Tra gli strumenti più usati dall'agopuntore ci sono gli aghi, la moxa, l'elettrostimolatore.

Gli aghi che si utilizzano sono sterili e monouso. In genere vengono introdotti solo pochi millimetri, e la puntura è a volte fastidiosa, ma non dolorosa. Gli aghi vengono mantenuti per una ventina di  minuti.

La moxa è un sigaro di artemisia (una pianta molto diffusa), che viene acceso a un'estremità e avvicinato alla pelle in corispondenza dei punti di agopuntura, in modo di ottenerne il riscaldamento.